Al in augustus 1564, ten tijde van de eerste bedijking van de Zijpe, werd besloten om in de afdeling F een molen te bouwen, die tevens de afdeling L zou moeten bemalen. Toen in 1567 het bestuur van de polder overging tot de benoeming van molenmeesters bleek de molen al te zijn opgericht.
Op een kaart uit omstreeks 1571 staat hij aangegeven op de plaats van de huidige molen. Na het weer aan de zee prijsgeven van de in 1570 overstroomde polder is ook De F verdwenen en wel in of voor 1584. Blijkens de uit 1600 daterende kaart van de Zijpe werd op dezelfde plaats bij de tweede bedijking weer een molen gebouwd. In het begin van de vorige eeuw is het oppervlak van de afdeling F als gevolg van de aanleg van het Noord-Hollands Kanaal kleiner geworden.

In 1881 werd op de plaats van de schepradmolen door molenmaker Klaas Bol uit De Zijpe voor ƒ 10.694,– een geheel nieuwe vijzelmolen gebouwd.
Deze molen was geen lang leven beschoren: in de nacht van 4 oktober 1889 brandde hij door blikseminslag tot de grond toe af; hetzelfde lot trof (in alle opzichten) de nabijgelegen molen van de Groeterpolder. Beide molens werden vlot herbouwd: polderbesturen hadden hun molens doorgaans goed tegen brand verzekerd.
Naar het schijnt is blikseminslag in dit deel van de polder een vaker voorkomend gebeuren. Molen F kreeg tijdens zwaar onweer op 12 juni 1930 wederom een voltreffer, waardoor een halve roede afgeslagen werd; in dezelfde bui brandden twee nabij de molen gelegen boerderijen af en werden de noordelijker gelegen molens Noorder- en Zuider-G getroffen. Al met al was dit voor de toenmalige bewoners van Molen F reden om de molen te verlaten; sindsdien is deze in feite niet meer bewoond geweest.

In 1943 is op de stalen vijzel een elektromotor geplaatst en, na in de Tweede Wereldoorlog nog op windkracht te hebben gemalen, is de molen buiten bedrijf gesteld. De in 1943 geplaatste elektrische aandrijving werd in 1967 vervangen door een nieuwe automatisch werkende elektrische installatie. De mogelijkheid om de vijzel op windkracht te kunnen aandrijven kwam toen te vervallen: het vijzelwiel werd van de vijzelbalk verwijderd (maar bleef wel los in de molen bewaard).

In 1967 ging de inmiddels in verval geraakte molen in eigendom over naar de Stichting De Zijper Molens, waarna in 1968 restauratie volgde. Zo werden beide roeden vervangen door nieuwe gelaste exemplaren en vanaf 1970 werd Molen F ook weer regelmatig in werking gesteld.
Dat draaien gebeurde geheel op vrijwillige basis door de daartoe gediplomeerde molenaar: Klaas Zaal. Hij was de tweede geslaagde vrijwillige molenaar van Nederland en bleef totaan zijn (te vroege) overlijden in 2016 hier actief. Thans is Klaas Zaal jr. hier vaste molenaar.

Na jaren alleen draaivaardig te zijn geweest, werd Molen F in 1987 maalvaardig: het vijzelwiel werd herplaatst. In 2002 verwijderde het waterschap de elektromotor met bijbehorende hulpaandrijving, dit nadat vlakbij de molen een nieuw elektrisch gemaal was neergezet. Vervolgens heeft men het moleninterieur zoveel mogelijk naar de oude situatie hersteld.

In juli 2013 werden beide inmiddels 45 jaar oude gelaste roeden vervangen door nieuwe exemplaren. Helaas: in april 2017 volgde stilstand, vanwege de ontstane problemen rond dit type roeden: gebleken was namelijk dat de gedeelde constructie bij enkele molens tot problemen had geleid (hoewel nog niet zeer ernstig). Het bestuur van de Stichting de Zijper Molens was er heel snel bij en bestelde vrijwel direct nieuwe roeden voor deze molen en de andere molen in bezit die hiermee was uitgerust, molen D.
Op 12 oktober 2017 zijn de gedeelde roeden gestreken en de nieuwe op 8 november gestoken. 25 november maalde de molen weer.

Op 29 januari 2020 had het elektrisch gemaal van deze polderafdeling een storing en moest molen F enige tijd het werk doen. Hij bleek nog volstrekt voor zijn taak berekend.

In 2021 voorzag men achtkant en kap van nieuw riet.